二月庚申，敕边臣谨斥堠。甲戌，孟阿图征瓦尔喀，奏捷。
三月乙亥朔，镶蓝旗固山额真、额驸顾三台罢，以□□弟之子篇古代之。书谕大贝勒代善、三贝勒莽古尔泰及贝勒诸大臣，求直言过失。丁亥，阅汉兵。甲午，诛刘兴祚、兴治家属，赦其母。丁酉，朝鲜复遣使来贡。辛丑，遣满达尔汉、董讷密遗朝鲜王书，索战船助攻明。不许。
六月癸亥，定功臣袭职例。黑龙江伊札讷、萨克提、伽期讷、俄力喀、康柱等五头目来朝。
秋七月甲戌，黑龙江虎尔哈部四头目来朝贡。庚辰，始设六部，以墨勒根戴青贝勒多尔衮，贝勒德格类、萨哈廉、岳讬、济尔哈朗、阿巴泰等管六部事。每部满、汉、蒙古分设承政官，其下设参政各八员，启心郎各一员，改巴克什为笔帖式，其尚称巴克什者仍其旧。更定讦告诸贝勒者准其离主例，其以细事讦诉者禁之。谕贝勒审事冤抑不公者坐罪。除职官有罪概行削职律，嗣后有罪者，分别轻重降罚有差。并禁官民同族嫁娶，犯者男妇以奸论。又谕贝勒诸大臣省过改行，求极谏。甲申，闹雷虎尔哈部四头目来朝贡。癸巳，定小事赏罚例，令牛录额真审理，大者送部。明总兵祖大寿等筑大凌河。檄诸蒙古各率所部来会征之。己亥，大军西发，命贝勒杜度、萨哈廉、豪格留守。庚子，渡辽河，申诫诸将恤士卒。
八月壬寅朔，次旧辽河而营，蒙古诸部率兵来会。癸卯，集蒙古诸贝勒，申前令，无擅杀掠。于是分兵两路，贝勒德格类、岳讬、阿济格以兵二万由义州入屯锦州、大凌河之间，上自白土场入广宁。丁未，会于大凌河，乘夜攻城。令曰：“攻城恐伤士卒，当掘壕筑垒困之。彼若出，与之战，外援至，迎击之。”乃分八旗兵合围，令蒙古兵承其隙。辛亥，明马步兵五百人出城，达尔哈击败之。壬子，射书城中，招蒙古人出降。癸丑，明兵出城诱战。图赖先入，达尔哈继之，四面环攻，贝勒多尔衮亦率兵入。城内砲矢俱发，图赖被创，副将孟坦、屯布禄、备御多贝、侍卫戈里战殁。上以图赖等轻进，切责之。以红衣砲攻明台，兵降者相继。乙卯，遗祖大寿书曰：“往者我欲和，尔国君臣以宋为鉴，不我应。尔国非宋，我亦非金，何不达若此。朕今厌兵革，更以书往，惟将军裁之。”大寿不答。丁巳，明松山兵二千来援，阿山、劳萨、土鲁什击败之。甲子，贝勒阿济格、硕托遮击明援兵。丁卯，明锦州兵六千来攻阿济格营。会大雾，觌面不相识。忽有青气冲敌营，辟若门，我军乘雾进，大战，败之，擒游击一，尽获其甲仗马匹。辛未，上诣贝勒阿济格营，酌金卮劳诸将。明兵突出，师夹击，又大败之。
九月丁亥，上以兵趋锦州，见尘起，上命诸军勿行，自率摆牙喇兵二百，与贝勒多铎缘山潜进。明锦州兵七千突出进上前。上甫擐甲，从者不及二百人，渡河冲敌军。敌不能当，溃走。诸军继至，又大败之，斩一副将而还。己丑，复以书招祖大寿。庚寅，上设伏山内，诱大寿出，将擒之，大寿惊遁，自是闭城不出。时城中穀止百石，马死尽，煮马肉为食，以鞍代爨。乙未，明太仆寺卿监军道张春，总兵吴襄、锺纬等，以马步兵四万来援，壁小凌河。戊戌，明援兵趋大凌河，距城十五里。上率两翼骑兵冲击之，不动。右翼兵猝入张春营，敌遂败，吴襄及副将桑阿尔寨先奔。张春等复集溃兵立营，会大风，敌乘风纵火，将及我军，天忽雨，反风，复战，遂大破之，生擒张春及副将三十三人。春不屈，乞死，上赦不杀。是役也，祖大寿仍以我为诱敌，故城中无应者。是夕黑云龙遁去。
冬十月丁未，以书招祖大寿、何可刚、张存仁。己酉，再遗大寿书。壬子，以红衣砲攻于子章台。台最固，三日台毁，守台将王景降，于是远近百馀台俱下。甲寅，遣降将姜新招祖大寿。大寿亦遣游击韩栋来会。癸亥，议三贝勒莽古尔泰上前持刃罪，降贝勒，夺所属五牛录。乙丑，祖大寿约我副将石廷柱议降。丙寅，大寿遣其子可法为质。戊辰，大凌河举城降，独副将何可刚不从。大寿掖可刚至军前杀之，夜至御营，上优遇之，大寿遂献取锦州策。己巳，遣兵随大寿夜袭锦州，会大雾，失伍，还。
十一月庚午朔，纵大寿还锦州。戊寅，毁大凌河城。己卯，班师。乙酉，上还沈阳。丙戌，察哈尔侵阿鲁西拉木轮地，贝勒萨哈廉、豪格移师征之，会察哈尔已去，乃还。
闰十一月庚子朔，谕曰：“我兵之弃永平四城，皆贝勒等不学无术所致。顷大凌河之役，城中人相食，明人犹死守，及援尽城降，而锦州、松、杏犹不下，岂非其人读书明理尽忠其主乎？自今凡子弟年十五岁以下、八岁以上，皆令读书。”遣库尔缠等责朝鲜违约罪。庚戌，禁国中不得私立庙寺，喇嘛僧违律者还俗，巫觋星士并禁止之。
十二月壬辰，参将宁完我请设言官，定服制。上嘉纳之。丙申，用礼部参政李伯龙言，更定元旦朝贺行礼班次。
六年春正月癸亥，阅汉兵。
二月壬申，定仪仗制。丁丑，谒□□陵，行时享礼。戊子，谕海州等处城守官三年一赴沈阳考察。丁酉，谕户部贝勒德格类以大凌河汉人分隶副将以下，给配抚养。给还贝勒莽古尔泰所罚人口